南科大实验动物中心位于慧园4栋。总建筑面积2644平方米，其中一层普通环境323平方米，用于开展普通级家兔和豚鼠动物实验；四层屏障环境1161平方米和五层屏障环境1160平方米，用于开展SPF级大鼠和小鼠动物实验。南科大实验动物中心是南科大广东省高水平理工大学建设的重要校级平台之一。2022年1月顺利通过广东省实验动物使用许可（延续）申请，使用许可证号是SYXK（粤）2022-0170。鉴于南科大在实验动物领域较高的影响力，2019年受邀加入“粤港澳实验动物创新与共享服务联盟”。

   实验动物仪器平台包括：小动物活体荧光成像系统、小动物B超、小动物MicroCT、辐照仪、大小鼠代谢笼及大小鼠行为测试分析系统等设备。实验动物技术服务包括：小鼠生物净化，体外受精，精子冻存与复苏，胚胎冻存与复苏，实验动物基本操作培训等。